肛瘘自然愈合的几乎没有,手术是主要疗法,虽然有一定的复发率,但是常能痊愈。不适合手术的患者,可用非手术疗法,一般能减轻症状,防止瘘管向纵深蔓延,控制其发展。肛瘘和肛旁脓肿一样,不同于身体其他部位的感染,由于发生在肛门直肠附近,在肛门或直肠内有一固定感染来源,即内口,同时病灶位于肛门括约肌内,括约肌的舒张和收缩会影响脓液的排出。因此说,肛瘘和肛旁脓肿一旦发生,不论轻重,多没有自愈的可能,药物治疗也只是减轻症状,临床只有通过手术(包括挂线)治疗才能达到治愈目的。有许多患者试图用手术以外的多种方法治疗,但都以失败告终,至少可以说,到目前为止还未发现非手术方法能治愈肛瘘的。