肛瘘常伴有程度不同的肛旁肿痛溃破流脓病史，形成肛瘘后，这种肛旁肿痛流脓会不定期反复发作，脓液若流出不畅，局部和全身会表现出急性化脓性感染的症状。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。研究发现：肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的肛瘘有癌变的可能。
