肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。 临床证实，肛瘘久拖不治、久治不愈有可能癌变。特别是肛瘘反复发作超过十年以上的患者，癌变率最大。目前，国内已多次观察到肛瘘癌变的病例。
